El programa de especialización más alta de la Facultad de Filología es el Doctorado en Estudios Filológicos.  Para acceder a él, según art. 6 del Real Decreto 99/2011 (BOE de 10 de febrero de 2011) de manera general «será necesario estar en posesión de los títulos oficiales españoles de Grado, o equivalente, y de Máster Universitario» (léase la normativa para otros casos).

El programa ofrece ofrece diez líneas de investigación. Cuenta con profesores altamente cualificados para ejercer la tarea de directores y tutores de tesis doctorales. El programa está ya sólidamente implantado a nivel nacional e internacional. Los doctorandos reciben a lo largo de los tres años del ciclo doctoral una amplia formación en los métodos y contenidos de la investigación filológica.

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